Malgré de lourdes difficultés financières, afin de garantir son indépendance, Jean-Pierre Mocky produit lui-même ses films et pour assurer leur distribution, fait l'acquisition en 1994 d'une salle de cinéma à Paris, Le Brady, antre mythique du cinéma fantastique jadis fréquenté par François Truffaut, mais qu'il devra revendre en 2002.

JP Mocky
Les huissiers sont à sa porte, mais il tient bon et continue à dénoncer la dure loi du box-office. Ses castings sont souvent le fruit de longues amitiés, et les acteurs ne se font payer qu’au pourcentage sur les bénéfices, «quand il y en a»…
Il réalise Le Furet en 2003 puis Grabuge! en 2005, qui scelle sa dixième collaboration avec son complice Michel Serrault. Il revient en force en 2007 avec trois films:Les Ballets écarlates, Le Deal et 13Th French Street avec Tom Novembre.
En 2009, il joue le diable dans Les Hommes sont des romans de Renan Polliès et Alain Riou.